Матчи Чемпионата проводятся по принципу "каждый с каждым" в два круга -  на своем поле и поле соперника. За победу в матче начисляется 3 очка, за ничью - 1 очко, за поражение очки не начисляются.

Места в РФПЛ по окончанию чемпионата определяется по набранным очкам. В случае равенства очков у двух или более команд места команд (кроме первого) в  итоговой таблице Чемпионата определяются:
- по наибольшему числу побед во всех матчах Чемпионата;
- по лучшей разности забитых и пропущенных мячей во всех матчах ;
- по результатам игр между собой;
- по наибольшему числу забитых мячей во всех матчах ;
- по наибольшему числу мячей, забитых на чужих полях во всех матчах .

При равенстве всех этих показателей места команд определяются жребием. Команды, занявшие 15-е и 16-е места в Чемпионате 2005 года, выбывают в первый дивизион ПФЛ после соблюдения процедуры выбывания из ПЛ.